วัดเซ็นโคจิเป็นวัดที่มีการเล่าขานกันว่าถูกสร้างขึ้นเมื่อราว 1,400 ปีก่อน
วิหารหลักในปัจจุบันได้รับการบูรณะขึ้นใหม่ในยุคเอโดะตอนกลาง (ปีค.ศ.1707) วิหารนี้เป็นวิหารอันโอ่โถงที่ทำมาจากไม้ พื้นที่ด้านหน้ามีความยาวประมาณ 24 เมตร มีความลึกประมาณ 54 เมตร
วัดเซ็นโคจิมีโครงสร้างอาคารที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งเรียกว่า "ฉุโมคุจึคุริ (อาคารที่มีรูปทรงแนวนอนเหมือนไม้ตีระฆัง)" และมีการสืบทอดธรรมเนียมการทำพิธี "โอโคโมริ" มาจนถึงปัจจุบัน โดยในพิธีดังกล่าว ผู้คนที่มาสักการะจำนวนมากจะทำการค้างแรมในวัดตลอดทั้งคืนเพื่อสวดมนต์ร่วมกัน
ทั้งนี้ วัดเซ็นโคจิยังได้รับการคัดเลือกให้เป็นสมบัติแห่งชาติในปีค.ศ.1953 และเป็นวัดที่มีชื่อเสียงซึ่งคอยให้การช่วยเหลือบรรเทาทุกข์แก่ผู้คนโดยไม่แบ่งแยกนิกาย จนผู้คนจากทั่วประเทศเดินทางมานมัสการอยู่อย่างต่อเนื่องมาตั้งแต่ยุคเฮอัน